MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Yersinia pestis biovar Medievalis str. Harbin 35 plasmid pPCP

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017264	GCC	2	6	215	220	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384412694
2	NC_017264	CGC	2	6	229	234	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384412694
3	NC_017264	CTG	2	6	238	243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384412694
4	NC_017264	TCGC	2	8	328	335	0 %	25 %	25 %	50 %	384412694
5	NC_017264	CATT	2	8	382	389	25 %	50 %	0 %	25 %	384412694
6	NC_017264	TC	4	8	393	400	0 %	50 %	0 %	50 %	384412694
7	NC_017264	CAGGAG	2	12	408	419	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384412694
8	NC_017264	GTTCG	2	10	426	435	0 %	40 %	40 %	20 %	384412694
9	NC_017264	GAC	2	6	448	453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412694
10	NC_017264	CTT	2	6	605	610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384412694
11	NC_017264	TGG	2	6	611	616	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384412694
12	NC_017264	CG	3	6	622	627	0 %	0 %	50 %	50 %	384412694
13	NC_017264	TC	3	6	736	741	0 %	50 %	0 %	50 %	384412694
14	NC_017264	AAGGT	2	10	775	784	40 %	20 %	40 %	0 %	384412694
15	NC_017264	GCTG	2	8	895	902	0 %	25 %	50 %	25 %	384412694
16	NC_017264	AGC	2	6	960	965	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412694
17	NC_017264	A	6	6	992	997	100 %	0 %	0 %	0 %	384412694
18	NC_017264	TGA	2	6	1015	1020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412694
19	NC_017264	CAT	2	6	1052	1057	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412695
20	NC_017264	TGA	2	6	1097	1102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412695
21	NC_017264	AGCGC	2	10	1165	1174	20 %	0 %	40 %	40 %	384412696
22	NC_017264	GAA	2	6	1243	1248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412696
23	NC_017264	TCA	2	6	1260	1265	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412696
24	NC_017264	CGG	2	6	1304	1309	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384412696
25	NC_017264	CTCA	2	8	1380	1387	25 %	25 %	0 %	50 %	384412696
26	NC_017264	CAG	3	9	1508	1516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412696
27	NC_017264	ACG	2	6	1564	1569	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412696
28	NC_017264	C	6	6	1589	1594	0 %	0 %	0 %	100 %	384412696
29	NC_017264	TCA	2	6	1601	1606	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412696
30	NC_017264	TGA	2	6	1608	1613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412696
31	NC_017264	TCAG	2	8	1631	1638	25 %	25 %	25 %	25 %	384412696
32	NC_017264	GAA	2	6	1639	1644	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412696
33	NC_017264	TTC	2	6	1654	1659	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384412696
34	NC_017264	GCA	2	6	1750	1755	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412696
35	NC_017264	TCAAA	2	10	1803	1812	60 %	20 %	0 %	20 %	384412696
36	NC_017264	CAGA	2	8	1830	1837	50 %	0 %	25 %	25 %	384412696
37	NC_017264	AACA	2	8	2918	2925	75 %	0 %	0 %	25 %	384412697
38	NC_017264	ACA	3	9	2923	2931	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384412697
39	NC_017264	CGA	2	6	3007	3012	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412697
40	NC_017264	GGC	2	6	3016	3021	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384412697
41	NC_017264	TG	3	6	3024	3029	0 %	50 %	50 %	0 %	384412697
42	NC_017264	GAA	2	6	3050	3055	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412697
43	NC_017264	A	6	6	3482	3487	100 %	0 %	0 %	0 %	384412698
44	NC_017264	C	6	6	3538	3543	0 %	0 %	0 %	100 %	384412698
45	NC_017264	ATC	2	6	4383	4388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412699
46	NC_017264	A	7	7	4403	4409	100 %	0 %	0 %	0 %	384412699
47	NC_017264	A	6	6	4540	4545	100 %	0 %	0 %	0 %	384412699
48	NC_017264	GAT	2	6	4578	4583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412699
49	NC_017264	AG	3	6	4607	4612	50 %	0 %	50 %	0 %	384412699
50	NC_017264	CTGT	2	8	4622	4629	0 %	50 %	25 %	25 %	384412699
51	NC_017264	TC	3	6	4640	4645	0 %	50 %	0 %	50 %	384412699
52	NC_017264	TAA	2	6	4646	4651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384412699
53	NC_017264	A	7	7	4689	4695	100 %	0 %	0 %	0 %	384412699
54	NC_017264	TAG	2	6	4715	4720	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412699
55	NC_017264	GAAA	2	8	4722	4729	75 %	0 %	25 %	0 %	384412699
56	NC_017264	TAT	2	6	4759	4764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384412699
57	NC_017264	CAA	2	6	4879	4884	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384412700
58	NC_017264	TAT	2	6	4885	4890	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384412700
59	NC_017264	CCT	2	6	5161	5166	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384412700
60	NC_017264	ATA	2	6	5180	5185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384412700
61	NC_017264	CTA	2	6	5304	5309	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412700
62	NC_017264	CAA	2	6	5377	5382	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384412700
63	NC_017264	ACG	2	6	5393	5398	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412700
64	NC_017264	TTA	2	6	5472	5477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384412700
65	NC_017264	TCTT	2	8	5496	5503	0 %	75 %	0 %	25 %	384412700
66	NC_017264	ACC	2	6	5843	5848	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384412700
67	NC_017264	GGAAG	2	10	6040	6049	40 %	0 %	60 %	0 %	384412701
68	NC_017264	GCA	2	6	6054	6059	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412701
69	NC_017264	A	7	7	6085	6091	100 %	0 %	0 %	0 %	384412701
70	NC_017264	CAAAA	2	10	6112	6121	80 %	0 %	0 %	20 %	384412701
71	NC_017264	CTG	2	6	6158	6163	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384412701
72	NC_017264	GAA	2	6	6188	6193	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412701
73	NC_017264	AC	3	6	6228	6233	50 %	0 %	0 %	50 %	384412701
74	NC_017264	A	7	7	6355	6361	100 %	0 %	0 %	0 %	384412701
75	NC_017264	GAA	2	6	6657	6662	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412702
76	NC_017264	GCA	2	6	6712	6717	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412702
77	NC_017264	AT	3	6	6737	6742	50 %	50 %	0 %	0 %	384412702
78	NC_017264	GAA	2	6	6824	6829	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412702
79	NC_017264	AT	3	6	6881	6886	50 %	50 %	0 %	0 %	384412702
80	NC_017264	ATGA	2	8	6976	6983	50 %	25 %	25 %	0 %	384412702
81	NC_017264	AATC	2	8	6985	6992	50 %	25 %	0 %	25 %	384412702
82	NC_017264	CTCAT	2	10	7008	7017	20 %	40 %	0 %	40 %	384412702
83	NC_017264	CAG	2	6	7106	7111	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412702
84	NC_017264	GGT	2	6	7147	7152	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384412702
85	NC_017264	TAA	2	6	7164	7169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384412702
86	NC_017264	AT	3	6	7239	7244	50 %	50 %	0 %	0 %	384412702
87	NC_017264	ATT	2	6	7290	7295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384412702
88	NC_017264	ATG	2	6	7328	7333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412702
89	NC_017264	GA	3	6	7344	7349	50 %	0 %	50 %	0 %	384412702
90	NC_017264	TTA	2	6	7383	7388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384412702
91	NC_017264	TACA	2	8	7449	7456	50 %	25 %	0 %	25 %	384412702
92	NC_017264	ATG	2	6	7463	7468	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412702
93	NC_017264	AGG	2	6	7476	7481	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384412702
94	NC_017264	TGC	2	6	7533	7538	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384412702
95	NC_017264	CGG	2	6	7568	7573	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384412702
96	NC_017264	TCCT	2	8	7800	7807	0 %	50 %	0 %	50 %	384412703
97	NC_017264	GCT	2	6	7893	7898	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384412703
98	NC_017264	CTG	2	6	7911	7916	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384412703
99	NC_017264	TTC	2	6	7966	7971	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384412703
100	NC_017264	CAT	2	6	7975	7980	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412703
101	NC_017264	ATC	2	6	8000	8005	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412703
102	NC_017264	GT	3	6	8093	8098	0 %	50 %	50 %	0 %	384412704
103	NC_017264	CGA	2	6	8194	8199	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412704
104	NC_017264	TCT	2	6	8371	8376	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384412704
105	NC_017264	GTC	2	6	8391	8396	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384412704
106	NC_017264	CAA	2	6	8791	8796	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384412705

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.